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          標題摘要內容
          DNA sequencing
          ATAC-seq
          來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2019-03-08 | 1039 次瀏覽 | 分享到:



                  染色質區域的可接近性是特異性反式作用因子和順式調控元件相互作用的前提,基因表達的異?;蛘呷旧|調控因子的改變都將對細胞的命運產生深遠的影響,進而導致各種疾病的發生、發展。

                  ATAC-seq 是通過使用高通量測序對轉座酶可接近性核染色質區域進行分析的一種創新表觀遺傳學研究技術。該技術通過轉座酶對某種特定時空下開放的核染色質區域進行切割,獲得在該時空下基因組中所有活躍轉錄的調控序列,再通過聚類分析,挖掘這些開放位點的潛在結合轉錄因子,結合基因表達水平數據,發現關鍵的調控轉錄因子。

           

          ATAC-seq技術路線圖

           

          樣品要求

          樣品類型:500-50000細胞,活細胞>90%。

          物種

           

          測序方案

          測序模式 PE150

          測序數據量 10Gb

           

          生物信息分析內容

          1 原始序列數據

          2 測序數據質量評估過濾

          3 測序數據比對到參考基因組

          4 結合位點peak注釋分析

          5 MOTIF注釋分析

          6 結合位點peak關聯基因篩選

          含分組樣本時可添加以下分析

          7 組間數據差異peak分析

          8 差異結合位點peak識別

          9 差異結合位點peak關聯基因鑒定

          10 差異位點peak靶基因的 GO 功能富集分析

          11 差異位點peak靶基因的 KEGG 富集分析


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