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          技術支持/Technology

          環狀RNA常用數據庫????????????


          充分利用環狀RNA相關的在線數據庫,可以很好地幫助到平時的實驗研究工作。下面我們介紹環狀RNA相關的幾個重要數據庫。


          circBase數據庫
          1、選擇感興趣的circRNA

                  這里以“HIPK3”基因為例,打開circBase網站(http://circrna.org/),在搜索框中輸入興趣基因“HIPK3”名稱,點擊“search”按鈕。





          2、搜索結果選擇

          “HIPK3”基因對應的環狀RNA有多個,其中hsa_circ_0000284在多種細胞和組織中皆有表達,表達水平很高,可以列為重點研究的候選分子。


          3、獲取環狀RNA序列



          點擊菜單欄的“fasta”,跳轉到序列獲取界面,這里可以選擇獲取“genomic”和“spliced” 基因組和剪接后序列,也可以選擇增加上環狀RNA分子上游或下游序列,僅環化剪接位點附近序列,進行擴展。一般我們選擇“spliced”即可獲得環狀RNA分子的完整成熟序列了。


          >hsa_circ_0000284|NM_005734|HIPK3
          GTATGGCCTCACAAGTCTTGGTCTACCCACCATATGTTTATCAAACTCAGTCAAGTGCCTTTTGTAGTGTGAAGAAACTCAAAGTAGAGCCAAGCAGTTGTGTATTCCAGGAAAGAAACTATCCACGGACCTA..............;

          CircNet數據庫
                  CircNet數據庫數據來源基于轉錄測序結果,并進一步聯合microRNA等信息進行了整合分析,功能強大。數據庫網址:http://circnet.mbc.nctu.edu.tw/


                  

          該數據庫整合了以下信息:circRNA分子序列;circRNA與miRNA及靶基因的調控網絡;circRNA分子的表達譜;circRNA分子的基因組注釋。


                  

          還是以“HIPK3”為例,檢索結果不僅顯示了與HIPK3環狀RNA相關的miRNA分子,也有環狀RNA表達譜數據和基因組定位等信息。

          CircInteractome數據庫



          CircInteractome數據庫整合的信息有以下幾類:
          √ Searches circRNAs name
          √ Searches the genomic position and best-matching transcripts of the circRNA
          √ Retrieves genomic and mature circRNA sequences
          √ Searches RBPs binding to a circRNA and to sequences upstream/downstream of the circRNA
          √ Identifies RBPs binding to the circRNA junctions
          √ Identifies miRNAs targeting a circRNA
          √ Designs divergent primers for circRNAs
          √ Designs siRNAs Specific to circRNA

          1、circRNA分子檢索
          點擊“circular RNA”輸入“hsa_circ_0000284”點擊“cricular RNA search”


          2、獲取circRNA詳細信息:通過第一步輸入circRNA ID號后即可進入該環狀RNA分子的詳細界面,如下圖。



          3、circRNA的PCR引物設計:該網站還可以進行環狀RNA的特異性引物設計,操作如下:


                  輸入circRNA分子ID號,點擊divergent primers search,即可獲得查詢circRNA分子的junction sequence,下面還附帶了2個PCR引物設計工具primer3和NCBI primer design,研究者可自行選擇。


                  

          點擊primer3后得到網站自動設計好的引物,具體結果見下圖。




          3、circRNA的PCR引物設計:該網站還可以進行環狀RNA的特異性引物設計,操作如下:


                  輸入circRNA分子ID號,點擊divergent primers search,即可獲得查詢circRNA分子的junction sequence,下面還附帶了2個PCR引物設計工具primer3和NCBI primer design,研究者可自行選擇。


                  點擊primer3后得到網站自動設計好的引物,具體結果見下圖。


          4、circRNA的siRNA干擾序列設計:該數據庫還提供了針對circRNA的siRNA序列設計,非常實用。下圖是針對“hsa_circ_0000284”軟件設計后給出的siRNA序列




          deepbase數據庫
                  中山大學推出的deepbase數據庫主要強調ceRNA分子網絡互作,其中也整合了circRNA相關信息。網址:http://deepbase.sysu.edu.cn/



                  有效且靈活地整合在線circRNA相關數據庫知識,可以很好地為實驗提供思路和指導。

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